El nombre de la villa está compuesto por las palabras "sotra" y "gragero" que en romance significa soto preferido o habitado por grajos. Sotragero tiene su partida de nacimiento en un momento muy bien delimitado, el periodo que corre entre el comienzo de la reconquista y colonización del río Ubierna y la decisión del rey de Oviedo de establecer defensas militares en Ubierna y en Burgos en el año 884. Con estas disposiciones se garantizaba la seguridad para cuanto se había hecho entre Burgos y Ubierna y se ampliaba la acción colonizadora al Alto Arlanzón y a las cuencas del Ubierna, Urbel y Hormazuelas.
Sotragero nace pues para la historia en la década de los setenta del siglo IX. Nace a la sombra militar y administrativa del alfoz de Burgos a cuyo castillo contribuye Sotragero con sus dineros y sus hombres como expresamente se reconocerá en el siglo XIV. Pero transcurrirán doscientos años hasta que esta localidad entre documentalmente en la historia y lo va a hacer en 1094 de la mano de don Álvar Fáñez. En el año 1094 el matrimonio formado por don Amaya y doña María solicitan del señor obispo de Burgos, don Gómez, ser enterrados en la Catedral de Santa María en la ciudad de Burgos. Los esposos por la concesión de tal favor entregan al obispo y cabildo las haciendas que poseen en Sotragero y añaden "realizamos esto con el consejo y el consentimiento de nuestro señor Álvar Fáñez y de su esposa doña Juliana...". Este documento refleja que el señorío de Sotragero lo tenía don Álvar Fáñez, sobrino del Campeador.
Álvar Fáñez era un capitán imprescindible para Alfonso VI que lo empleó más en el servicio del reino que en la compañía de su tío. Como militar don Álvar no fue tan brillante como su tío pero poseyó una ciencia muy necesaria: la de hacer menos graves las derrotas. El señorío debía respetar los derechos reales distinguiendo entre los bienes del rey, los del señor y los de los particulares.
Así sucede en 1128, doce de julio, en una generosa donación de bienes que hace el emperador don Alfonso VII al obispo y cabildo burgaleses. Don Alfonso entrega bienes diversos en pueblos distantes de las provincia y dice: "Y entrego en Soto Grajero (escrito así) una serna que pertenece a mi derecho realengo". En el siglo XIII, Sotragero se convertirá en uno de los centros más movido de la actividad económica. En la villa invertirá, en 1251, el merino Mayor de Castilla y algunos personajes de la sociedad y de la iglesia. Entre los personajes de la época destaca don Pedro Sarracín, fundador y rector del célebre Hospital de San Lucas, para pobres y peregrinos que estuvo situado en Burgos dando nombre a la calle y a una esgueva en el solar que ocupan actualmente las madres trinitarias. La primera compra la realiza don Pedro siendo ya canónigo y abad de la importante abadía en Valpuesta en 11 de octubre de 1262. Compra a doña Elo Fernández un solar y 13 tierras y paga 200 maravedises y una capa. Hasta su muerte en 1290 siendo dean del cabildo catedralicio firmó en documentos. El 1 de julio de 1279 fundó el hospital de San Lucas al que dotó con generosidad con el dominio que había formado en Sotragero y en otros pueblos. Don Pedro redactó un Estatuto y se erigió en primer rector.
En el "Libro de las Behetrías" se reconoce que Sotragero es villa con esa condición y que su benefactor era García Fernández Manrique, apellido que tanto poder alcanzará en las riberas del Ubierna. La villa pagaba al rey servicios y monedas y de martiniega 50 maravedises para mantener en forma el castillo de Burgos pero que por voluntad regia percibía el merino de Burgos y terrateniente en Sotragero, don Simón González. Los diviseros, que eran diez, percibían 6 maravedises al año. La vida de Sotragero puede seguirse con detalle a lo largo de los siglos. Una vida pacífica dedicada al laboreo de su término con alguna aportación ovina. Las virtudes de laboriosidad y de responsabilidad dentro del costumbrismo castellano y de la filosofía propia ante la vida.
En sus inicios perteneció al alfoz de Burgos pero en el siglo XVI aparece como cabecera de cuadrilla que abarcaba 10 pueblos, entre ellos los del actual afoz de Quintanadueñas. En 1591 la cuadrilla reunía 269 vecinos, Sotragero nunca perdió su independencia concejil. En 1843 la villa sumaba 200 habitantes, una sencilla escuela remediaba los deseos de aprender las primeras letras de los chicos y chicas. En 1950 los habitantes habían ascendido a 256. Vinieron luego las grandes mutaciones agrarias e industriales.
